Die Atome in einem Molekül üben eine verschieden starke Anziehungskraft auf die Bindungselektronenpaare aus, sie haben eine verschieden grosse Elektronegativität.

Die Elektronegativität ist ein Mass für die Fähigkeit eines Atoms, Bindungselektronenpaare an sich zu ziehen.

Vergleicht man nun die Moleküle HCl und Cl₂ unter Berücksichtigung der Tatsache, dass Chlor elektronegativer ist als Wasserstoff, so ergibt sich für die Lage der Bindungselektronenpaare:

Das Bindungselektronenpaar im Chlormolekül „liegt genau in der Mitte" zwischen den beiden Atomen. Im Chlorwasserstoffmolekül ist das Bindungselektronenpaar in Richtung auf das Chloratom verschoben. Das Chloratom ist daher etwas negativ (d-) geladen, da das Elektronenpaar negativ geladen ist, das Wasserstoffatom ist entsprechend etwas positiv (d+) geladen.

Eine solche Elektronenpaarbindung nennt man polar, die Moleküle mit polaren EPB sind oft - wie das HCl-Molekül - Dipolmoleküle (Moleküle mit verschieden geladenen Enden). Im Prinzip haben verschiedene Atome stets eine unterschiedlich Elektronegativität, oft sind die Unterschiede aber so gering, dass man nicht von einer polaren Bindung spricht.